Сергей Бодров младший родился 20 сентября 1971 года в Москве, в семье известного режиссера и сценариста Сергея Бодрова.
Окончив школу в 1989 году, поступил на факультет истории в МГУ имени Ломоносова. В период с 1994 по 1996 году обучался в аспирантуре. Окончив университет, некоторое время работал учителем, после кондитером, а затем и спасателем на одном из итальянских пляжей. В течение двух лет, с 1997 по 1999 год, вел телепередачу «Взгляд», где и познакомился со своей будущей женой Светланой. В 1998 году, во все том же МГУ имени Ломоносова, защитил кандидатскую диссертацию по теме «Архитектура в венецианской живописи Возрождения».
Кинематографический дебют Бодрова младшего состоялся еще в 1989 году в картине «Сэр» (1989), однако первая известность к нему пришла только лишь семь лет спустя, вместе с ролью в картине своего отца «Кавказский пленник» (1996). Несмотря на то, что изначально Бодров отец наотрез отказывался снимать Бодрова младшего в кино, результатом работы своего сына, оказавшегося на одной из главных ролей, в связи с отсутствием более подходящий кандидатур он остался доволен. Работа Сергея в картине, получившей одну из наград на кинофестивале в Каннах, была высоко оценена и зрителями и кинокритиками.
Культовой фигурой на территории постсоветского пространства Сергей Бодров младший стал около года спустя, блестяще исполнив главную роль в великолепной психологической драме Алексея Балабанова «Брат» (1997). Три года спустя на экраны вышла и вторая часть истории Данилы Багрова - «Брат-2» . Несмотря на то, что вторая часть истории имела мало чего общего со своей предшественницей, в коммерческом плане она вышла не менее успешной.
За три года, прошедшие до момента выхода второй части «Брата», Бодров младший снялся еще в двух картинах, мелодраматическом боевике Павила Павликовски «Стрингер» (1998) и драме Режиса Варнье «Восток-Запад» (1999).
В 2001 году сыграл одну из второстепенных ролей в картине своего отца «Давай сделаем это по-быстрому» (2001), однако не имевшая хоть сколько-нибудь заметного успеха картина, популярности Сергею не прибавила. В этом же году, Сергей Бодров младший представляет на суд зрителей свою первую режиссерскую работу - криминальную драму «Сестры» (2001). Трогательная история о двух сводных сестрах, вынужденных скрываться от представителей криминального мира, была поставлена в лучших традициях первого «Брата», и имела огромный успех у зрителей.
Две последующие и последние картины с участием Сергея Бодрова младшего: драматический боевик Алексея Балабанова «Война» и сказочная мелодрама Бодрова старшего «Медвежий поцелуй», вышли на экраны в 2002 году.
Один из наиболее ярких представителей постсоветского кинематографа Сергей Бодров младший пропал без вести 20 сентября 2002 года в Кармадонском ущелье (Северная Осетия), во время съемок картины «Связной». У Сергея осталась жена Светлана, сын и дочка.