Родился Тоби Магуайр в городе Санта-Моника, Калифорния, 27 июня 1975 года у, проживавших в гражданском браке молодых родителей, Винсента (18) и Венди (20). На момент рождения ребенка Венди работала секретарем, а Винсент строителем и поваром. Два года спустя, в 1977 году, состоялась свадьба, однако брак не продержался и одного года. Ребенок остается с матерью, живущей на социальное пособие и мизерную зарплату. Отец Тоби в 1993 году предпринял попытку ограбления банка и на два года отправился за решетку.
Несмотря на то, что не телевидении Тоби дебютировал уже в возрасте четырех лет, появившись в эпизоде сериала «General Hospital», будучи школьником, он мечтал пойти по стопам своего отца и стать поваром, не задумываясь о карьере киноактера. Однако судьба распорядилась иначе, бросив школу в возрасте 13 лет, молодой Магуайр подрабатывает, снимаясь в различных рекламных роликах. Приблизительно в это же время по совету матери записывается на курсы актерского мастерства. За ролями в рекламных роликах последовали роли в сериалах. Во время съемок одного из сериалов Тоби знакомится с еще одним начинающим актером - Леонардо ДиКаприо, который впоследствии становится его близким другом.
Первое появление Тоби на широких экранах состоялось в картине «Жизнь этого парня» (1993), главную роль в котором исполнил сам Роберт Де Ниро. Внимание кинокритиков и продюсеров актеру удается привлечь блестящей работой в драме «Ледяной ветер» (1997), за которой последовала эпизодическая роль в картине «Страх и ненависть в Лас-Вегасе»(1998) Терри Гиллиама. Высоко оценили критики работу актера в картинах: «Плезантвиль» (1998), «Правила виноделов» (1999) и «Вундеркинды» (2000), которые, как потом оказалось, были лишь предвестниками настоящего успеха.
Мировая известность приходит к актеру в 2002 году, после совместной работы с Уиллемом Дефо и Кирстен Данст в коммерческом суперхите 2002 года «Человек-паук». За роль в картине, собравшей в общей сложности более 800 миллионов долларов, актеру заплатили всего 4 миллиона долларов. Однако в одночасье свалившаяся на Тоби известность и слава выводят его на новый уровень гонораров. Так, например, за роль в гораздо менее успешной картине «Фаворит» (2003) Магуайр получил уже 12 с половиной миллионов, и чуть менее, заветных двадцати (семнадцать), за роль во второй, еще более успешной части приключений «спайдермена» - «Человек-паук 2» (2004). После провала картины «Хороший немец» (2006), в которой актер исполнил одну из второстепенных ролей, выходит и третья часть серии - «Человек-паук 3: Враг в отражении» (2007), не уступающая в популярности своим «предшественницам».
В 2009 году Тоби снимается в паре с Джейком Джилленхолом в военной драме «Братья», в 2011 исполняет главную роль в черной комедии «Детали», а в 2012 ему выпадает, по-видимому, главный «счастливый билет» как серьезному драматическому актеру – съемки в паре с Леонардо Ди Каприо в экранизации знаменитого романа Ф. С. Фитцджеральда «Великий Гэтсби». Поклонники актера с удовольствием ждут новых работ.
Не так давно, в апреле 2006 года, Тоби связал себя узами брака с дизайнером ювелирных изделий Дженнифер Мейер, дочкой, работающего на киностудии Universal Studios продюсера Рона Мейера. В ноябре этого же года у пары родилась дочь Руби Свитхарт, а в мае 2009 – сын Отис Тобиас.